带酶切位点的引物设计问题带酶切位点的引物设计时计算Tm值,退火温度及GC含量时是否要把酶切位点和保护碱基计算在内?我觉得不用,因为酶切位点可以不用跟模板结合,

来源：学生作业帮助网编辑：作业帮时间：2024/05/08 15:39:45

带酶切位点的引物设计问题带酶切位点的引物设计时计算Tm值,退火温度及GC含量时是否要把酶切位点和保护碱基计算在内?我觉得不用,因为酶切位点可以不用跟模板结合,
带酶切位点的引物设计问题
带酶切位点的引物设计时计算Tm值,退火温度及GC含量时是否要把酶切位点和保护碱基计算在内?我觉得不用,因为酶切位点可以不用跟模板结合,

带酶切位点的引物设计问题带酶切位点的引物设计时计算Tm值,退火温度及GC含量时是否要把酶切位点和保护碱基计算在内?我觉得不用,因为酶切位点可以不用跟模板结合,
我觉得不用吧计算Tm和退火不是算的双链部分的嘛
不用计算附加碱基,如果要调整PCR的特异性,只是提高退火温度就好了,这个提高不是以附加碱基为基础的.克隆实验倒是无所谓,如果你是要在附加碱基中加入一个小Tag等比较长的片段,计算了附加碱基,就有可能扩增不出来.
下面的链接有详细的讨论,楼主可以去参考下

需要。酶切位点接头和保护碱基的序列可能存在和模板互补的区域（因为你酶切接头和保护碱基整个大约有8~10个核苷酸了），从而造成结合能的改变。我记得是有一个计算Tm的校正公式的，可以计算存在单链域的双链DNA的Tm值的。

实际上没必要的

不用的。在设计引物时先不考虑酶切点及保护碱基。不过引物要设计稍微长一点平衡一下。相信我，这十年都是这么设计的。

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